2006年7月，轮机工程本科专业在原物理与电子工程系（现物理与电子工程学院）成功申报，2007年9月招收第一届轮机工程专业本科生（共41名），开辟了钦州学院航海类专业办学的先河；
2008年7月，成功申报航海技术本科专业，并于2009年9月招收第一届航海技术专业本科生（共24名）。
2010年9月28日，钦州学院海洋学院正式挂牌成立，原物理与电子工程系的航海技术和轮机工程两个本科专业、轮机工程技术和航海技术两个专科专业整合到海洋学院；
2014年1月17日，学校正式发文《钦学院〔2014〕3 号》成立海运学院。
2016年9月与桂林电子科技大学联合培养交通运输工程专业硕士研究生。
2017年4月成功申报船舶电子电气本科专业，并于2017年9月招收第一届船舶电子电气专业本科生。
